新しく抗体を作るときに、目的の抗体ができているか見極める評価法をどのようにされますか。一般的には、免疫原として利用した抗原とは異なった材料を評価に用いるのがよろしいです。
例えば、ペプチドをキャリアたんぱく質に結合して免疫原とした場合、抗体が思った通りできたかは、天然のたんぱく質あるいは組換たんぱく質をイムノブロットして調べるなどです。すなわちこの場合は、免疫原にペプチド、そして評価法にはたんぱく質（ポリペプチド）です。
ただし、モノクローナル抗体を作るときは、スクリーニングと 評価は同時進行となりますから、結果が早く出ることが必要です。イムノブロットではハイブリドーマの増殖に追いつかず、せっかく出来てきたクローンを取り逃がしてしまうことが多々あります。
このようなときは、評価法もペプチドを固定化した ELISA に頼らざるをえません。
また、ポリクローナル抗体を作るときでも、たんぱく質を調製、電気泳動してブロッティングする手間を考えると、簡便な ELISA で済ませてしまいたくなります。
しかし、免疫原に用いたペプチドに対して抗体ができてくれば、同じペプチドを固定化した ELISA で調べて当然だろうという考えは必ずしも通用しないのです。免疫原のペプチドに対する抗体は必ずできてきます。
しかし、ペプチドの配列を含むたんぱく質にこの抗体が結合するとは限りません。ELISAでは抗体価が十分上がっていても、イムノブロットなどで調べたときにバンドが出ないことがよくあります。この結果をどう解釈するかというと、一つの可能性は、抗体がペプチドの末端を含む配列を認識している場合です。免疫原に用意したペプチドがたんぱく質の内部配列のときは、実際のたんぱく質では合成したペプチドの両方向に配列が伸長しています。
したがって、ペプチド末端に対してできてきた抗体は、伸長した配列、すなわちたんぱく質には結合しません。もう一つの可能性は、ペプチドの配列がたんぱく質に埋もれていて抗体がつきにくいことです。これはペプチドの設計段階での失敗になります。抗体の標的配列を選ぶ際に、たんぱく質の表面に位置するような部分を採用すれば良かったかと思います。抗体作成を外部委託したときは、何も言わなければ評価法として ELISA を使います。
特に、抗原ペプチドが手元にある場合は先の理由で ELISA を採用します。少し煩雑になりますが、イムノブロットなどのたんぱく質を抗原とした評価法を併用してください。
もし、たんぱく質がどうしても手に入らないようなときは、免疫原に使ったペプチドよりも長めのペプチドを別途合成して ELISA をやってください。どのくらい長めかというと、ペプチドの配列が一定の二次構造に含まれるならば、その二次構造が確実に形成される長さです。評価のためのペプチドは長いに越したことはありませんが、合成は難しくなります。
